A bandeira do Paulista é de formato retangular, dividida em três partes iguais, na horizontal, seguindo a ordem de cores: vermelho, branco e preto.

No centro da bandeira, ocupando espaço entre as três faixas, aparece o distintivo do clube.

Em 2005, com a conquista do título da Copa do Brasil, uma estrela dourada passou a ser utilizada sobre o distintivo.